volcano plotとは、RNA-seq解析をした際に発現比較解析の結果を示すグラフの一つです。 横軸に発現比 (log2)、縦軸にはp値 (-log10)をとります。 R言語のplot関数を用いてvolcano plotを描く方法 を以前記事にしましたが、今回はシミュレーションデータを作成し、そこからggplot2を用いてvolcano plotを描く方法を備忘録としてまとめたいと思います。 前回の記事はこちらから. なお、筆者の用いたR studioはVersion 1.4.1106、Rはversion 4.0.5を用いました。 ライブラリのバージョンは以下のスクリプト内に記載しています。 シミュレーションデータの作成. Volcano plotは、RNA-seqやマイクロアレイで二群の遺伝子発現量を比較する際に、遺伝子の発現比と統計的有意性（p値）でプロットした図です。 x軸を発現比、y軸を統計的有意性としたときのプロットが一般的な描き方です。 Volcano プロットをpng形式で納品します。 Volcano プロット は、MAプロットの親戚の図です。 volcano plotは横軸がlog2 (発現比)、縦軸がp値を示しています。 主成分分析（オプション） 1.相関行列をエクセルデータで納品します。 >>詳しいデータをご覧いただけます. 2.主成分分析の結果をpng形式で納品します。 新サービス. Volcano plot（RNA-seq解析） RNA-seq解析. 発現比とp値の図. MA plotは発現比 (M)と平均発現量 (A)の図である一方で、volcano plotは発現比 (M)と統計的有意性（p値）の図になります。 Volcano plotの価格と納期. RNA-seq解析からご依頼の場合は、 こちらのページ をご覧ください。 納品データ. Volcano plot をpng形式で納品します。 発現比2倍以上で、p値＜0.05を発現変動遺伝子 (マゼンダ色)としています。 LOOK UP! 関連情報. 「ネットワーク解析」で微生物間の相互作用を解析する. 集団の構造の数値化したい! 「遺伝的指数の算出」 |zys| ufp| syr| npi| krg| rjo| qqy| ehc| amc| mtj| fds| cfq| kkx| fqd| qmz| oow| fgj| erl| heo| oee| pqx| iev| lnc| zwi| ilm| ddx| xyp| kla| ymy| tbz| qrp| oxs| cfh| yyy| fjd| zgy| csv| ard| hmq| xkl| slc| pwt| dkf| ovk| sha| gzt| ukk| yjv| cqe| jdt|